Pour rappel : l’article L.714-4 du CGFP dispose que les organes délibérants des collectivités territoriales et de leurs établissements publics fixent les régimes indemnitaires, dans la limite de ceux dont bénéficient les différents services de l’Etat.
Ainsi, dès lors qu’un texte prévoit les conditions de modulation ou de suppression d’une prime pendant les absences, les employeurs territoriaux sont alors tenus de les appliquer. Par exemple : pour les congés de maternité, naissance, pour l’arrivée d’un enfant en vue de son adoption, d’adoption, de paternité et d’accueil de l’enfant, l’article L.714-6 du CGFP imposent que les primes soient maintenus dans les mêmes proportions que le traitement.
En revanche, en l’absence de dispositions spécifiques, il appartient à la collectivité de déterminer les modalités de maintien des primes en cas d’absences (QE, JOAN, n°20512 du 26/11/2019).
Compte tenu du principe de parité, ces modalités ne doivent pas être plus favorables que celles prévues dans la Fonction Publique de l’État (CE, 04/07/2024, n°462452).
Au sein de la Fonction Publique de l’État, le dispositif de maintien des primes en cas d’absence est prévu principalement par le Décret n°2010-997. Jusqu’à présent, ce décret prévoyait qu’en cas de placement en congé de longue maladie (CLM), de grave maladie (CGM) ou de longue durée (CLD), le versement du régime indemnitaire était suspendu.
Une collectivité territoriale ne pouvait donc pas prévoir le maintien des primes à un agent pendant l’un de ces congés (CE, 22/11/2021, n°448779).Tout au plus, elle pouvait indiquer, qu’en cas de placement rétroactif en congé de longue maladie ou de longue durée, les primes et indemnités versées au fonctionnaire durant son congé de maladie ordinaire lui demeuraient acquises (article 2 du décret n° 2010-997).
Ce qui change : conformément à l’accord interministériel du 20 octobre 2023 et à l’article L.822-8 du CGFP, le décret n° 2024-641 est venue améliorer les garanties dans la Fonction Publique de l’État.
Il modifie notamment, les dispositions du Décret n°2010-997 : pendant les périodes de congé de longue maladie (CLM) et de congé de grave maladie (CGM), les fonctionnaires de l’État bénéficieront du maintien du régime indemnitaire dans les proportions suivantes :
- 33 % la première année ;
- 60 % les deuxième et troisième années.
En revanche, les primes resteront suspendus en cas de placement en congé de longue durée (CLD).
Les nouvelles dispositions sont applicables à compter du 1er septembre 2024 pour la rémunération des agents en situation de CLM et de CGM.
Compte tenu du principe de libre administration des collectivités territoriales, l’organe délibérant peut modifier la délibération régissant les primes versées aux agents afin de transposer, au plus tôt à compter du 1er septembre 2024, les règles applicables à la Fonction Publique de l’État.
La délibération devra être précédée de l’avis du Comité Social Territorial (article L. 253-5 6° du CGFP).
À noter, ces nouvelles modalités de maintien en cas de CLM et CGM s’appliquent également aux indemnités pour heures supplémentaires annualisées (HSA) des personnels enseignants du second degré (prévues par le décret n° 50-1253). Par analogie et en application de l’article 6-3 du décret n°91-875, les professeurs et assistants territoriaux d’enseignement artistiques peuvent bénéficier de ce maintien des indemnités pour heures supplémentaires en cas de placement en CLM et CGM.